En la Era Moderna y el Renacimiento
La alquimia europea continuó por esta misma senda hasta los albores del Renacimiento. Esta época vio también un florecimiento de los estafadores que usaban trucos químicos y juegos de manos para «demostrar» la transmutación de metales comunes en oro o que afirmaban poseer el conocimiento del secreto que (con una «pequeña» inversión inicial) llevaría con toda seguridad a ello.
El nombre más importante de este periodo es Paracelso (1493–1541), quien dio a la alquimia una nueva forma, rechazando parte del ocultismo que había acumulado a lo largo de los años y promoviendo el uso de observaciones y experimentos para aprender sobre el cuerpo humano. Paracelso rechazó las tradiciones gnósticas pero mantuvo mucho de las filosofías hermética, neoplatónica y pitagórica; sin embargo, la ciencia hermética tenía tanta teoría aristotélica que su rechazo del gnosticismo era prácticamente insignificante. En particular, rechazó las teorías mágicas de Flamel y Agrippa. Paracelso no se veía a sí mismo como un mago y desdeñaba a quienes lo hacían.
Paracelso fue pionero en el uso de compuestos químicos y minerales en medicina. Escribió que «Muchos han dicho que la alquimia es para fabricar oro y plata. Para mí no es tal el propósito, sino considerar sólo la virtud y el poder que puede haber en las medicinas.» Sus puntos de vista herméticos eran que la enfermedad y la salud del cuerpo dependían de la armonía del hombre (el microcosmos) y la naturaleza (el macrocosmo). Paracelso dio un enfoque diferente al de sus predecesores, usando esta analogía no como referencia a la purificación del alma sino a que los humanos deben mantener ciertos equilibrios de minerales en sus cuerpos y que para ciertas enfermedades de éstos había remedios químicos que podían curarlas. Mientras sus intentos de tratar enfermedades con remedios tales como el mercurio podrían parecer contraproducentes desde un punto de vista moderno, su idea básica de medicinas producidas químicamente ha permanecido vigente sorprendentemente bien.
En Inglaterra la alquimia en esta época se asocia frecuentemente con John Dee (1527–1608), más conocido por sus facetas de astrólogo, criptógrafo y «consultor científico» general de la reina Isabel I. Dee era considerado una autoridad en la obra de Roger Bacon y estuvo lo suficientemente interesado en la alquimia como para escribir un libro sobre ella (Monas Hieroglyphica, 1564), influenciado por la cábala. El socio de Dee, Edward Kelley —quien afirmaba conversar con ángeles a través de una bola de cristal y poseer un polvo que transformaría el mercurio en oro—, puede haber sido la fuente de la imagen popular del alquimista-charlatán.
Un alquimista menos conocido de esta época es Miguel Sendivogius (1566–1636), filósofo, médico y pionero de la química polaco. Según algunas fuentes, destiló oxígeno en el laboratorio sobre 1600, 170 años antes que Scheele y Priestley, calentando salitre. Pensaba que el gas resultante era «el elixir de la vida». Poco después de descubrir este método, se cree que Sendivogius enseñó su técnica a Cornelius Drebbel, quien en 1621 le daría aplicación práctica en un submarino.
Tycho Brahe (1546–1601), más conocido por sus investigaciones astronómicas y astrológicas, era también un alquimista. Tuvo un laboratorio expresamente construido para este fin en Uraniborg, su observatorio e instituto de investigación.
