La palabra alquimia procede del árabe al-kīmiya o al-khīmiya, que podría estar formada por el artículo al- y la palabra griega khumeia, que significa ‘echar juntos’, ‘verter juntos’, ‘soldar’, ‘alear’, etcétera (de khumatos, ‘lo que se vierte’, ‘lingote’, o del persa kimia, ‘oro’). Un decreto de Diocleciano, escrito en griego sobre el año 300, ordenaba quemar «los antiguos escritos de los egipcios, que trataban sobre el arte de fabricar oro y plata»1 la khēmia transmutación. La palabra árabe kīmiyaˀ, sin el artículo, ha dado lugar a ‘química’ en castellano y otras lenguas, y al-kīmiyaˀ significa, en árabe moderno, ‘la química’.
Se ha sugerido que la palabra árabe al-kīmiyaˀ significaba en realidad, originariamente, ‘la ciencia egipcia’, tomando prestada del copto la palabra kēme, ‘Egipto’, así alquimia era el 'arte de Keme' (o su equivalente en el dialecto medieval bohaírico del copto, khēme). La palabra copta deriva del demótico kmỉ, y éste a su vez del egipcio antiguo kmt. Esta última palabra designaba tanto al país como al color ‘negro’ (Egipto era la ‘tierra negra’, en contraste con la ‘tierra roja’, el desierto circundante), por lo que esta etimología podría también explicar el apodo de ‘magia negra egipcia’. Sin embargo, esta teoría puede ser sólo un ejemplo de etimología popular.
En la Edad Media se solía usar la expresión ars chimica para aludir a la alquimia.
A veces, se considera a la palabra crisopeya sinónimo de alquimia, pero ésta es mucho más que la mera búsqueda del método para fabricar oro. La palabra crisopeya viene del griego χρυσoσ, ‘oro’, y πoιεω, ‘hacer’. El prefijo criso entra en la formación de palabras en que interviene el oro, como crisoterapia (tratamiento de ciertas enfermedades por medio de sales de oro).
