Los alquimistas sostenían que la piedra filosofal amplificaba místicamente el conocimiento de alquimia de quien la usaba tanto como fuera posible. Muchos aprendices y falsos alquimistas, tenidos por auténticos alquimistas, gozaron de prestigio y apoyo durante siglos, aunque no por su búsqueda de estas metas ni por la especulación mística y filosófica que se desprendía de su literatura, sino por sus contribuciones mundanas a las industrias artesanales de la época: la obtención de pólvora, el análisis y refinamiento de minerales, la metalurgia, la producción de tinta, tintes, pinturas y cosméticos, el curtido del cuero, la fabricación de cerámica y cristal, la preparación de extractos y licores, etcétera. La preparación del aqua vitae, el «agua de vida», era un experimento bastante popular entre los alquimistas europeos.
Los alquimistas nunca tuvieron voluntad para separar los aspectos físicos de las interpretaciones metafísicas de su arte. La falta de vocabulario común para procesos y conceptos químicos, así como también la necesidad de secretismo, llevaba a los alquimistas a tomar prestados términos y símbolos de la mitología bíblica y pagana, la astrología, la cábala y otros campos místicos y esotéricos, de forma que incluso la receta química más simple terminaba pareciendo un obtuso conjuro mágico. Más aún, los alquimistas buscaron en esos campos los marcos de referencia teóricos en los que poder encajar su creciente colección de hechos experimentales inconexos.
A partir de la Edad Media, algunos alquimistas empezaron a ver cada vez más estos aspectos metafísicos como los auténticos cimientos de la alquimia y a las sustancias químicas, estados físicos y procesos materiales como meras metáforas de entidades, estados y transformaciones espirituales. De esta forma, tanto la transmutación de metales corrientes en oro como la panacea universal simbolizaban la evolución desde un estado imperfecto, enfermo, corruptible y efímero hacia un estado perfecto, sano, incorruptible y eterno; y la piedra filosofal representaba entonces alguna clave mística que haría esta evolución posible. Aplicadas al propio alquimista, esta meta gemela simbolizaba su evolución desde la ignorancia hasta la iluminación y la piedra representaba alguna verdad o poder espiritual oculto que llevaría hasta esa meta. En los textos escritos según este punto de vista, los crípticos símbolos alquímicos, diagramas e imaginería textual de las obras alquímicas tardías contienen típicamente múltiples capas de significados, alegorías y referencias a otras obras igualmente crípticas; y deben ser laboriosamente «descodificadas» para poder descubrir su auténtico significado.
