De la alquimia occidental surge la ciencia moderna. Los alquimistas utilizaron muchas de las herramientas que se usan hoy. Estas herramientas eran a menudo fabricadas por ellos mismos y podían estar en buen estado, especialmente durante la Alta Edad Media. Muchos intentos de transmutación fallaban cuando los aprendices de alquimia elaboraban sin conocer compuestos inestables, lo que se veía empeorado por las precarias condiciones de seguridad.
Hasta el siglo XVII, la alquimia fue en realidad considerada una ciencia seria en Europa: por ejemplo, Isaac Newton dedicó mucho más tiempo y escritos al estudio de la alquimia que a la óptica o la física, por lo que es célebre. Otros eminentes alquimistas del mundo occidental son Roger Bacon, Santo Tomás de Aquino, Tycho Brahe, Thomas Browne, Ramon Llull y Parmigianino. El nacimiento de la química moderna surgió con los aprendices de alquimia desencantados de su nulo progreso alquímico y con los críticos resentidos de la alquimia; tanto unos como otros lograron progresos en varios campos de la naturaleza en el siglo XVIII, con el que proporcionaron un marco más preciso y fiable para las elaboraciones industriales y la medicina, libres del hermetismo propio de la alquimia (pues la alquimia nunca se prodigó como ciencia de multitudes), y entrando en un nuevo diseño general de conocimiento basado en el racionalismo. A partir de entonces, todo personaje que entroncaba con la alquimia o que «oscurecía» sus textos fue despreciado por la naciente corriente científica moderna.
Tal es el caso, por ejemplo, del barón Carl Reichenbach, un conocido químico de la primera mitad del siglo XIX, que trabajó sobre conceptos parecidos a la antigua alquimia, tales como la fuerza ódica, pero su trabajo no entró en la corriente dominante de la discusión científica.
La transmutación de la materia, disfrutó de un momento dulce en el siglo XX, cuando los físicos lograron transformar átomos de plomo en átomos de oro mediante reacciones nucleares. Sin embargo, los nuevos átomos de oro, al ser isótopos muy inestables, resistían menos de cinco segundos antes de desintegrarse. Más recientemente, informes de transmutación de elementos pesados —mediante electrólisis o cavitación sónica— fueron el origen de la controversia sobre fusión fría en 1989. Ninguno de estos hallazgos ha podido ser aún reproducido con fiabilidad.
El simbolismo alquímico ha sido usado ocasionalmente en el siglo XX por psicólogos y filósofos. Carl Jung revisó el simbolismo y teoría alquímicos y empezó a concebir el significado profundo del trabajo alquimista como una senda espiritual. La filosofía, los símbolos y los métodos alquímicos han gozado de un cierto renacimiento en contextos postmodernos tales como el movimiento Nueva Era.
