Tras la caída del Imperio romano, el foco de desarrollo alquímico se trasladó al mundo islámico.
El mundo islámico fue un crisol para la alquimia. El pensamiento platónico y aristotélico, que ya había sido en cierta medida incluido en la ciencia hermética, continuó siendo asimilado. Alquimistas islámicos como al-Razi (en latín Rasis) y Jabir ibn Hayyan (en latín Geber) aportaron descubrimientos químicos clave propios, tales como la técnica de la destilación (las palabras alambique y alcohol son de origen árabe), los ácidos muriático (clorhídrico), sulfúrico y nítrico, la sosa, la potasa y más. (De los nombres árabes para estas dos últimas sustancias, al-natrun y al-qalīy, latinizados como Natrium y Kalium, proceden los símbolos modernos del sodio y el potasio.) El descubrimiento de que el agua regia, una mezcla de ácido nítrico y clorhídrico, podía disolver el metal más noble —el oro— habría de avivar la imaginación de alquimistas durante el siguiente milenio.
Los filósofos islámicos también hicieron grandes contribuciones al hermetismo alquímico. El autor más influyente en este aspecto posiblemente fuera Abu Musa Jabir ibn Hayyan (normalmente escrito en castellano como Geber). El objetivo primordial de Jabir era la takwin, la creación artificial de vida en el laboratorio alquímico, hasta e incluyendo la vida humana. Jabir analizó cada elemento aristotélico en términos de las cuatro cualidades básicas de calor, frío, sequedad y humedad. De acuerdo con él, en cada metal dos de estas cualidades eran interiores y dos exteriores. Por ejemplo, el plomo era externamente frío y seco, mientras que el oro era caliente y húmedo. De esta forma, teorizaba Jabir, reordenando las cualidades de un metal, podía obtenerse uno diferente. Con este razonamiento, la búsqueda de la piedra filosofal fue introducida en la alquimia occidental. Jabir desarrolló una elaborada numerología mediante la que las iniciales del nombre de una sustancia en árabe, cuando se les aplicaban varias transformaciones, mantenían correspondencias con las propiedades físicas del elemento.
